平成１８年の税制改正では、いわゆるオーナー企業（実態が個人事業と相違しないような同族会社）について、オーナーの役員給与が法人段階で損金算入され（経費になり）、かつ個人の段階でも給与所得控除として控除を受けることができるのは、「経費の二重控除」であり問題である事から、このような会社についてオーナー役員の給与に係る「給与所得控除相当額」を法人所得の段階で損金不算入にする（これにより、課税ベースが個人の場合と同じようになる）制度が創設されます。
中小企業にとって大変影響があり、個人事業の法人成りの際も注意が必要です。

いわゆるオーナー企業への増税の内容

適用となる会社は次のような会社です。 ここで言う業務主宰役員というのは、基本的に経営権を行使して職務を執行する中心的な役員１名を指すと考えられます（通常は、社長）。 また、常務に従事する役員というのは、通常はその職務に従事している役員を指すと考えられ、名目だけの役員は含まれません。 増税の内容は、常務主宰役員に対する給与のうち、個人所得の給与所得控除に相当する額を法人の所得に加算するというものです。このため法人税の負担が増加します(個人の所得税は変わりません)。

所得が低い場合などは除外

法人の直前３期の平均額が次の額の場合は除外される事になっています。 　　１）法人の所得＋オーナー役員の給与が、年８００万円以下　⇒　除外 　　２）法人の所得＋オーナー役員の給与が、年８００万円超〜年3,000万円以下の場合は、 　　その額に占める役員の給与の割合が５０％以下　⇒　除外 　　２）の場合は、役員の給与と同額以上の利益が出ているときは除外されると言うものです。

フローチャート

適用についてのフローチャートを作成しましたのでご検討下さい。

適用されないための対策

次のことが考えられます。 　　　　　　　１）持株を９０％未満にする。 　　　　　　　　　又は 　　　　　　　２）法人の所得＋オーナー役員給与を年８００万円以下にする。 １）については、親族等の持株も持株比率に含めますので、それ以外の人で１０％超の 　　持株にするということになります。 ２）は会社の経常的な利益水準を考慮する必要があります。 　　利益の額によっては、１）を検討した方が確実です。